Co-escribió Good Will Hunting (El indomable Will Hunting) con Matt Damon, y el guión le valió un Premio de la Academia, un Globo de Oro y un Premio Humanitas. Ambos también trabajaron a las órdenes del director Gus Van Sant en la aclamada película que recibió un sinfín de galardones, entre los que está una nominación a los Premios de la Academia a la Mejor Película.
Su último guión es titulado Gone, Baby, Gone, que ha adaptado junto a Aaron Stockard de la novela de Dennis Lehane que lleva el mismo nombre. Ben Affleck también ha dirigido la versión de la película que se estrenará en 2007. La película está protagonizada por Casey Affleck, Morgan Freeman, Ed Harris, y Michelle Monaghan.
Otros de sus créditos como actor incluyen el próximo estreno de Smokin’ Aces, escrita y dirigida por Joe Carnahan; Changing Lanes (Al límite de la verdad) de Roger Michell; Boiler Room de Ben Younger; Shakespeare in Love (Shakespeare enamorado) de John Madden y ganadora de un Premio de la Academia; Dazed and Confused (Jóvenes desorientados) de Richard Linklater; Man About Town (Diario de un ejecutivo agresivo) de Mike Binder; Daredevil de Mark Steven Johnson; The Sum of All Fears (Pánico nuclear) de Phil Alden Robinson; Paycheckde John Woo; Armageddon y Pearl Harbor de Michael Bay; Going All the Way de Mark Pellington; varias películas para el director y guionista Kevin Smith, incluyendo Chasing Amy (Persguiendo a Amy) y Dogma; y Forces of Nature de Bronwen Hughes, estaba basada en un historia de Glenn Williamson, productor de Hollywoodland.
En 2000, Ben Affleck se asoció con Matt Damon, Chris Moore, y Sean Bailey para crear LivePlanet, Inc. Su primera obra fue el programa de televisión de no ficción Project Greenlight, que llamó la atención de la crítica, el público y la industrial por su visión entre bambalinas sobre los desafíos a los que se enfrentan los realizadores novatos. Las tres series del programa han sido nominadas a los Premios Emmy.
Ben Affleck colabora intensamente con muchas organizaciones de caridad, entre los que se encuentran A-T Children’s Project y The Jimmy Fund.
