Molly Parker ha podido ser vista recientemente en los festivales de Sundance y Cannes gracias a su participación en el nuevo proyecto de Rodrigo García Nine Lives. Es a su vez Alma Garret en Deadwood, serie de HBO nominada a varios Emmy. Otro personaje memorable que añadir a su repertorio es el de la joven sufraguista de Iron Jawed Angels, película en la que comparte cartel con Hillary Swank y Angelica Houston.

En 2004, Parker fue nominada a un Genie Award a la Mejor Actriz por su trabajo en Marion Bridge. Entre otras menciones previas se incluyen una nominación a un Independent Spirit Award a la Mejor Actriz protagonista por su papel principal en Center of the World, de Wayne Wang, un Genie Award a la Mejor Interpretación Femenina de Reparto en el film de Bruce Sweeney Last Wedding, así como un Genie Award a la mejor Actriz por su debut cinematográfico en la internacionalmente aclamada Kissed. En 2002, tres películas suyas se estrenaron en el Festival de Toronto Film: Pure dirigida por Gillies MacKinnon, en añadidura a Marion Bridge y Max. También encabezó el reparto de la aclamada Wonderland, de Michael Winterbottom, e interpretó a la esposa de Ralph Fiennes en Sunshine, el film de Istvan Szabonominado a un Globo de Oro.

Parker apareció también en El Secreto de mi Vecino, con William Hurt, así como en Suspicious River, Men With Brooms, y The Five Senses. Además, fue productora ejecutiva en Looking for Leonard, estrenada en Canadá. Fue vista en Seis metros bajo tierra en el papel de Rabbi Ari. Entre otros créditos televisivos se incluyen Twitch City, Intensity, y el telefilm Serving in Silence, con Glenn Close.