Katherine Winter (Hilary Swank) no cree en milagros, sólo en hechos.

Katherine, antigua pastora protestante, dejó los hábitos tras perder a su hija y a su marido cuando estaban de misión en Sudán, y ahora busca respuestas por medio de la ciencia más que de la oración. Como profesora de universidad, se ha convertido en la principal desmitificadora de supuestos milagros y es requerida en lugares de todo el mundo para investigar estatuas que lloran, manchas en la pared que parecen santos y palmas que sangran.

Hasta ahora, no hay misterio divino que no haya podido resolver.

Sin embargo, cuando el maestro de escuela rural Doug Blackwell (David Morrissey) apela a su ayuda para esclarecer una serie de extraños sucesos que la gente de su pueblo cree que han sido enviados por Dios, Katherine y su compañero Ben (Idris Elba) se dan cuenta de que a veces los milagros pueden ser traicioneros y que la línea entre fe y superstición es peligrosamente delgada.

Escondido entre los bosques y las tierras pantanosas de Louisiana, Haven es un pueblo en el que las reglas de la razón parecen haberse reescrito. Un niño ha muerto y el río se ha vuelto sangre; esto es sólo el principio de lo que parece ser una reedición de las diez plagas bíblicas sobre el pueblo.

Por primera vez en su carrera profesional, Katherine no puede explicar estos fenómenos a través de la ciencia. Los habitantes del pueblo creen que una enigmática niña llamada Loren McConnell (AnnaSophia Robb) ha llevado la ira de Dios a sus hogares, pero lo que ellos ven como un presagio del mal es para Katherine una niña perdida que necesita su ayuda. Mientras más se acerca al oscuro corazón del misterio, más consciente es Katherine de su papel en una conspiración que amenaza con envolver al mundo en las tinieblas.