Alex Rider (Alex Pettyfer) es un adolescente normal y corriente que vive con su tío, un aburrido director de banco...o eso es lo que parece hasta que el tío Ian Ryder (Ewan McGregor) muere en circunstancias misteriosas. Alex descubre que su tío era en realidad un espía y que ha sido asesinado por Yassen Gregorovich (Damian Lewis), uno de los criminales más peligrosos del mundo. Reclutado por el Sr. Blunt (Bill Nighy) y la Sra. Jones (Sophie Okonedo), de la división de Operaciones Especiales de la MI6, este colegial se da cuenta de que su tío, al fomentar sus hobbies, le ha preparado a conciencia para una carrera en el espionaje. Lingüista, buceador, escalador, experto en artes marciales y excelente tirador, Alex tiene todas las cualidades necesarias para ser el perfecto espía adolescente. Provisto de su colección particular de artilugios especiales, Alex se embarca en su primera misión.

El multimillonario Darrius Sayle (Mickey Rourke) se ha ofrecido a donar el superordenador Stormbreaker a todos los colegios del Reino Unido. Pero, ¿hay algo detrás de esta generosa oferta? Envían a Alex a investigar. Como supuesto ganador de un concurso de ordenadores, consigue entrar en el complejo de laboratorios fuertemente vigilado de Sayle. Allí conoce a su dueño y a sus siniestros secuaces Sr. Grin (Andy Serkis) y Nadia Vole (Missi Pyle) que le enseñarán el Stormbreaker, un ordenador de ultimísima generación. Cuando sale a hurtadillas de su habitación por la noche, Alex ve la llegada de un avión de cargo lleno de contenedores misteriosos. ¡Esta en la pista de algo importante!

Pero al día siguiente es desenmascarado y le obligan a reconocer que en realidad es un espía. Sayle le informa del secreto que contienen los ordenadores antes de lanzar a Alex a los brazos de una medusa gigante. Consigue escapar y emprende un viaje de alto riesgo a Londres. El primer ministro está en el Museo de Ciencias, a punto de pulsar el botón que activará todos los mortíferos ordenadores Stormbreaker del país pero Alex se lanza en paracaídas para impedirlo.

En el último momento inutiliza las máquinas letales y con la ayuda de su ama de llaves Jack Starbright (Alicia Silverstone) y de su compañera de colegio Sabina Pleasure (Sarah Bolger) perseguirá a Sayle a través de las calles de la ciudad.

Finalmente se enfrenta al empresario megalómano en un emocionante cara a cara en el tejado de sus oficinas centrales, cincuenta pisos por encima de Londres. ¿Será esta primera misión de Alex también la última?