Como indica el título, Escondidos en Brujas se rodó en Brujas, la ciudad medieval mejor conservada de Bélgica, visitada por viajeros de todo el mundo. Pero para los asesinos a sueldo Ray (Colin Farrell) y Ken (Brendan Gleeson) podría convertirse en un destino sin retorno. Después de un trabajo complicado, Harry (Ralph Fiennes, nominado dos veces por la Academia), el jefe londinense de ambos, les manda a descansar dos semanas a esta ciudad, que parece sacada de un cuento de hadas.

Sintiéndose totalmente fuera de lugar entre la arquitectura gótica, los canales y las calles adoquinadas, los dos asesinos pasan el día haciendo de turistas. Ray, que no consigue olvidar las brutales imágenes de su último trabajo en Londres, odia la ciudad. Sin embargo, mientras Ken observa con paternal mirada a su compañero y a sus hazañas a menudo hilarantes, descubre que la belleza y serenidad del lugar tiene un efecto positivo en su mente y alma.

Mientras esperan la llamada de Harry, su estancia se hace más surrealista a medida que empiezan a descubrir a la gente del lugar, los turistas, el arte medieval. Conocen a un actor estadounidense enano (Jordan Prentice) que rueda una película de arte y ensayo, y a Chloë (Clémence Poésy), por la que Ray se siente atraído, pero que parece tener oscuros secretos.

Cuando por fin llega la esperada llamada de Harry, las vacaciones de Ken y Ray se convierten en una lucha de supervivencia de oscuras proporciones cómicas y sorprendentes consecuencias emocionales.