Es 1964, colegio de San Nicolás en el Bronx. Un vibrante y carismático sacerdote, el padre Flynn (Philip Seymour Hoffman) está tratando de cambiar las estrictas normas del colegio, que durante años han sido fieramente salvaguardadas por la hermana Aloysius Beauvier (Meryl Streep), una directora con mano de hierro que cree firmemente en el poder de la disciplina.

Vientos de cambio político están barriendo la comunidad, y de hecho el colegio ha aceptado a su primer alumno negro, Donald Millar. Pero cuando la hermana James (Amy Adams), una pobre inocente, le comenta a la hermana Aloysius sus sospechas de que el padre Flynn presta demasiada atención a Donald, la superiora comienza una cruzada personal para sacar a la luz la verdad y expulsar a Flynn del colegio. Sin una sola prueba aparte de su convicción moral, la hermana Aloysius comienza una batalla con el padre Flynn, que amenaza con desgarrar la comunidad con consecuencias irrevocables.