Al final de la primera parte, muerto Boromir (Sean Bean) y desaparecido Gandalf en el Puente de Khazad-dûm, la Comunidad se vió obligada a dividirse en tres grupos. Sin embargo, esta disolución no ha socavado la firmeza de ninguno de sus miembros para acometer su heroica misión.

Perdidos en las colinas de Emyn Muil, Frodo (Elijah Wood) y Sam (Sean Astin) descubren que alguien les sigue: el misterioso Gollum (Andy Serkis). Esta inquietante criatura, que ha sido corrompida y deformada por el Anillo, promete, a cambio de su liberación, guiar a los hobbits hasta las Puertas Negras de Mordor. Sam no confía en su nuevo acompañante, pero Frodo se apiada de Gollum porque también ha sido, como él, portador del Anillo.

En otro punto de la Tierra-media, Aragorn (Viggo Mortensen), el arquero elfo Legolas (Orlando Bloom) y Gimli el Enano (John Rhys-Davies) llegan al atormentado Reino de Rohan. Está gobernado por el antaño glorioso Rey Théoden (Bernard Hill), quien, manipulado ahora por el siniestro espía Gríma Lengua de Serpiente (Brad Dourif), ha caído bajo el hechizo maligno del amo de éste, el mago Saruman. Éowyn (Miranda Otto), sobrina del Rey, ve en el guerrero humano Aragorn a un posible líder. Y aunque éste se siente atraído por ella, Aragorn no puede olvidar el amor que le une a la Elfa Arwen (Liv Tyler) y el pacto que hicieron los dos.

Tras el devastador duelo que mantuvo con el Balrog, Gandalf (Ian McKellen) ha renacido en forma de Gandalf el Blanco y recuerda a Aragorn que su destino es hermanar al pueblo de Rohan con el último bastión de resistencia humana: el pueblo de Gondor.

Entre tanto, los hobbits cautivos Merry (Dominic Monaghan) y Pippin (Billy Boyd) escapan de los Uruk-hai por sus propios medios y llegan al misterioso bosque de Fangorn, entre cuyos vetustos árboles encuentran a un aliado inesperado, Bárbol -un árbol vivo que camina y habla- quien les cuenta que el bosque ha sido arrasado por Saruman.

En trayectos paralelos, los distintos miembros de la Comunidad se enfrentarán a ejércitos descomunales, maléficas traiciones, serán testigo de asombrosos acontecimientos y comprobarán hasta dónde llega la sensacional fuerza de los habitantes de la Tierra-media. Juntos deberán contener a las poderosas fuerzas que ya se despliegan desde las dos torres: la Torre de Orthanc en Isengard, donde el perverso mago Saruman ha formado un ejército mortífero de diez mil soldados; y la Torre de Barad-dûr, fortaleza de Sauron, erigida en el corazón de la sombría tierra de Mordor.