La vida secreta de las abejas es una historia sobre la necesidad de sentirse amado, de tener una familia y encontrar la redención que explora nuestro incuestionable deseo de sentir que pertenecemos a algo y las a menudo desalentadoras vicisitudes por las que pasamos hasta llegar a satisfacerlo. Ambientada en California del Sur durante el turbulento periodo de la lucha por los derechos civiles en los Estados Unidos, la casa de las hermanas Boatwright, unas inteligentes e independientes apicultoras (Queen Latifah, Alicia Keys y Sophie Okonedo), se ve de repente puesta patas arriba con la irrupción de la joven de catorce años de edad Lily Owens (Dakota Fanning) y su cuidadora Rosaleen (Jennifer Hudson). Rodeada de la inesperada comodidad, afabilidad y honda espiritualidad que Lily (Fanning) encuentra en el hogar de las hermanas Boatwright, la joven crea un lazo maternal con cada una de esas mujeres cuyas singulares y especiales dotes le ayudan a superar la muerte de su madre. Lily llega al final a darse cuenta de que a veces hay que dejar el hogar para poder realmente encontrarlo.

Como propietaria y gestora de una exitosa explotación apícola y de un negocio de fabricación de miel, August Boatwright (Latifah) es la matriarca de la familia que dirige el hogar con mano firme pero amorosa junto a sus hermanas: June (Keys), la ferozmente independiente profesora de música; y May (Okonedo), la ingenua inocente. La vida de las hermanas Boatwright se ve desestabilizada cuando la joven de catorce años de edad Lily Owens (Fanning) y su cuidadora Rosaleen (Hudson) aparecen en su puerta buscando refugio. Lily, una solitaria adolescente perseguida por la culpa de su papel en la muerte accidental de su madre de un disparo, escapa de la granja de duraznos de su amargado y viudo padre (Paul Bettany) que nunca muestra dulzura ni compasión. Tras escapar con Rosaleen a Tiburon, en California del Sur, un lugar rodeado de misterio y con gran conexión con la madre de Lily, encuentra refugio en la casa de las Boatwright. Lily es tomada inmediatamente bajo la protección de August Boatwright (Latifah) como su aprendiz de apicultura. Allí, la niña cuenta con un cómodo lugar para explorar y, por primera vez en su vida, poder ser ella misma. Lily también descubre la alegría en los sencillos placeres de la vida a través de su cada vez más profunda relación con las Boatwright y pronto empieza a dar lo mejor de sí, decidida a disfrutar por primera vez del dulce néctar de la vida. Como joven mujer en ciernes que ha dejado un lugar que antes llamaba hogar, Lily encuentra forma inesperada su verdadero hogar y a la familia que siempre ha deseado.

Tristan Wilds encarna a Zachary Lincoln Taylor, el ahijado de August y nuevo amigo de Lily, un adolescente muy trabajador que sueña con convertirse en abogado; Nate Parker es un joven que bebe los vientos por la alérgica al matrimonio June Boatwright (Keys) mientras que Hilarie Burton es la madre a la que Lily sólo recuerda en sueños.