Regresa al reparto de Harry Potter como anterior profesor de Defensa contra las Artes Oscuras, Remus Lupin, en la quinta parte de la saga, Harry Potter y la Orden del Fénix.

Thewlis se ganó el reconocimiento internacional cuando protagonizó el drama de Mike Leigh "Naked". Por su potente actuación en el papel central de esta película fue nombrado Mejor Actor en el Festival de Cine de Cannes de 1993 y también ganó el Premio al Mejor Actor por parte de los círculos de críticos de Nueva York y de Londres, así como el Evening Standard Film Award al Mejor Actor. Anteriormente había trabajado con Leigh en la película "Life is Sweet" y en el proyecto televisivo "The Short and Curlies".

Ha participado en más de 30 películas durante los últimos 20 años, entre ellas "Vroom" de Beeban Kidron, "Resurrected" de Paul Greengrass, "Damage" de Louis Malle, "The Trial" de David Jones, "Black Beauty" de Caroline Thompson, "Total Eclipse" de Agnieszka Holland, "Restoration" de Mike Hoffman, "Dragonheart" de Rob Cohen, "La isla del Dr. Moreau" de John Frankenheimer, "Siete años en el Tibet" de Jean-Jacques Annaud, "El gran Lebowski" de los hermanos Coen, "Asediada" de Bernardo Bertolucci, "¿Qué le ocurrió a Harold Smith?" de Peter Hewitt, "Timeline" de Richard Donner, "El reino de los cielos" de Ridley Scout, el segmento de Jordan Scout de "All the Invisible Children", "El Nuevo Mundo" de Terrence Malik, "Instinto básico 2: Adicción al riesgo" de Michael Caton-Jones y la reciente versión de John Moore "La profecía".

Recientemente finalizó el rodaje en la película independiente "La vida interior de Martin Frost" en la cual encarna el papel protagonista. Actualmente está rodando "The Boy in the Striped Pyjamas" dirigida por Mark Herman y producida por David Heyman.

Además de actuar, Thewlis debutó como director y guionista en el cortometraje "Hello, Hello, Hello" que fue nominado a los BAFTA Awards al Mejor Cortometraje. Recientemente, en 2003, protagonizó, dirigió y escribió la película independiente "Cheeky".

En televisión, Thewlis ha participado en proyectos importantes como "Dinotopia", "Endgame", "Dandelion Dead", el premiado "Prime Suspect 3", "Black and Blue", "Journey to Knock", "Oranges Are Not the Only Fruit", "Skulduggery" y "The Singing Detective". También tiene un papel esporádico en a serie "A Bit of Do".

Adicionalmente a su trabajo en cine y televisión, Thewlis ha protagonizado una serie de obras teatrales, entre ellas "The Sea" dirigida por Sam Mendes en el Royal National Theatre, "Ice Cream" en el teatro Royal Court, "Buddy Holly" en el teatro Regal en Greenwich, "Ruffian on the Stairs/The Woolley" en el teatro Farnham y "The Lady and the Clarinet" en el teatro Kings Head.