Es uno de los actores de teatro canadienses más respetados y ha recibido encendidos elogios por su trabajo en teatro, televisión y en películas de cine. Czerny comenzó a actuar en musicales en el Humberside Collegiate de Toronto y continuó recibiendo formación en la National Theatre School de Montreal. Tras graduarse en 1982, continuó actuando en los escenarios por todo el país, desde el National Arts Center de Ottawa hasta el Citadel Theatre de Edmonton y el Festival de Stratford.
Obtuvo su oportunidad en Hollywood tras interpretar a un maltratado y maltratador All Saints Brother en el telefilm elogiado internacionalmente The Boys of St. Vincent (1991). Entre sus éxitos cinematográficos actuales se encuentran Fido, dirigida por Andrew Currie; La pantera rosa, dirigida por Shawn Levy; Chaos, dirigida por Tony Giglio; Misión Imposible, dirigida por Brian DePalma; The Interview, dirigida por Monique Gardenberg; Notes from the Underground, dirigida por Gary Walkow; The Michelle Apartments, dirigida por John Pozer; Peligro inminente, dirigida por Phillip Noyce; Anchor Zone, dirigida por Andree Pelletier; La tormenta de hielo, dirigida por Ang Lee; Buried on Sunday, dirigida por Paul Donovan; Amo los uniformes, dirigida por David Wellington y Klepto, dirigida por Thomas Trail.