Jena Malone apareció en el drama de guerra nominado al Oscar® The Messenger, con Woody Harrelson y Ben Foster, para el escritor y director Oren Moverman y con Robert Downey Jr. y Jamie Foxx en El solista. Sus próximas películas incluyen el drama For Ellen, con Paul Dano y Jon Heder; La espera, con Chloë Sevigny y Luke Grimes y la película de Bradley Rust Gray Jack and Diane.
Hemos podido ver a Malone anteriormente en el aclamado drama Hacia rutas salvajes, con Emile Hirsch y Marcia Gay Harden, basada en la novela de éxito de John Krakauer y dirigida por Sean Penn. También ha protagonizado el thriller Las ruinas, sobre un grupo de amigos de vacaciones en Méjico que sufren complicaciones y en la película independiente The Go-Getter, protagonizada por Zooey Deschanel y Lou Taylor Pucci.
Su debut como niña de la que han abusado sexualmente en Bastard out of Carolina, dirigida por Angelica Huston, le valió su primer premio de los tres a la Artista Joven, además de las nominaciones a la Mejor Actriz de Miniserie del Screen Actors Guild® y Mejor Interpretación Novel de los premios Independent Spirit. Recibió dos nominaciones consecutivas a la Mejor Actriz de Reparto de los premios Blockbuster Entertainment y en 1988 ganó su primera nominación al Globo de Oro por su trabajo en la película de televisión Hope, con Christine Lahti bajo la dirección de Goldie Hawn.
Malone ha trabajado con estrellas del cine como Jodie Foster en Contact y La peligrosa vida de los Altar Boys, Susan Sarandon y Julia Roberts en Quédate a mi lado, Kevin Costner en Entre el amor y el juego y Kevin Kline en La casa de mi vida. También ha protagonizado Salvados, con Mandy Moore; el clásico de culto Donnie Darko, con Jake Gyllenhaal; El mundo de Leland, con Kevin Spacey; y formó parte del elenco de estrellas en la película de Anthony Minghella Cold Mountain.
Otras de sus películas incluyen Orgullo y prejuicio, La balada de Jack y Rose, The Badge Cheaters, Book of Stars, Origins of Evil, The Ballad of Lucy Whipple y Ocultos en América..
Malone debutó en Broadway en la obra galardonada con un premio Tony y un Pulitizer Doubt (La duda), escrita por John Patrick Shanley y dirigida por Doug Hughes. También es una música y compositora consagrada.