El rostro de Juan Diego Botto apareció en el cine cuando apenas era un niño, con cinco años. Era 1983 y la película "Juego de Poder", de Fausto Canel. Tras varios papeles durante su adolescencia en 1992 es elegido por Ridley Scott para hacer de hijo de Cristóbal Colón en el film "1492: La conquista del Paraíso". A este papel seguiría, tres años más tarde, la participación protagónica de Juan Diego Botto en la película que marcaría el inicio de una fructífera y exitosa carrera interpretativa, "Historias del Kronen", de Montxo Armendáriz.
"Martín Hache", de Adolfo Aristarain, "Silencio roto", de Montxo Armendariz, o "Plenilunio" de Imanol Uribe, hacen resonar su nombre en el cine y posibilita que otros directores internacionales de renombre cuenten él en el reparto de películas como "The dancer upstairs", de John Malkovich, "Bordertown", de Gregory Nava, o "El Greco", de Iannis Smaragdis, con la que obtuvo el premio al Mejor Actor en el Festival Internacional de El Cairo.
Pero su carrera cinematográfica no le ha alejado de los escenarios teatrales, en los que ha trabajado no sólo como actor, sino como dramaturgo y director de escena. La obra "Hamlet", dirigida e interpretada por él junto a José Coronado, Marta Etura y Nieve de Medina, fue estrenada en el Teatro María Guerrero con gran éxito en Madrid y en su gira por toda España.
En 2005 dirigió la obra "El privilegio de ser perro", escrita por él mismo. También ha escrito "Despertares y celebraciones", dirigida por Cristina Rota, y "La última noche de la peste", dirigida por Víctor García León.
CINE
Filmografía como director
2003. No hay motivo.
Filmografía como actor
2009. King conqueror. Pepón Sigler
2009. Las viudas de los jueves. Marcelo Piñeiro
2008. La mujer del anarquista. Marie Noëlle y Peter Sehr
2007. El Greco. Yannis Smaragdis
2006. Va a ser que nadie es perfecto. Joaquín Oristrell
2006. Vete de mí. Víctor García León
2006. Bordertown. Gregory Nava
2005. La fiesta del chivo. Luis Llosa
2005. Obaba. Montxo Armendáriz
2004. Roma. Adolfo Aristarain
2003. Los abajo firmantes. Joaquín Oristrell
2002. Trece campanadas. Xavier Villaverde
2002. El caballero Don Quijote. Manuel Gutiérrez Aragón
2002. El balancín de Iván. Darío Stegmayer
2002. The Dancer Upstairs. John Malkovich
2001. Silencio roto. Montxo Armendáriz
2000. Asfalto. Daniel Calparsoro
1999. Ave María. Eduardo Rossoff
1999. Sobreviviré. Alfonso Albacete y David Menkes
1999. Novios. Joaquín Oristrell
1999. Plenilunio. Imanol Uribe
1998. Bin ich schön? Doris Dörrie
1997. Martín Hache. Adolfo Aristarain
1997. En brazos de una mujer madura. Manuel Lombardero
1996. Más que amor, frenesí. Alfonso Albacete David Menkes y Miguel Bardem
1996. La Celestina. Gerardo Vera
1996. Éxtasis. Mariano Barroso
1996. La sal de la vida. Eugenio Martín
1995. Historias del Kronen. Montxo Armendáriz
1991. Cómo ser mujer y no morir en el intento. Ana Belén
1990. Ovejas negras. José María Carreño
1989. Si te dicen que caí. Vicente Aranda
1987. Hace quince años. José Luis Escolar
1986. El río de oro. Jaime Chávarri
1985. Los motivos de Berta: Fantasía de Pubertad. José Luis Guerín
1985. Teo, el pelirrojo. Paco Lucio
1983. Power Game. Fausto Canel
1982. Martes y trece, ni te cases ni te embarques. Javier Aguirre