Kristen Johnston intervino en la exitosa serie televisiva "3rd Rock from the Sun", por la que obtuvo dos Premios Emmy®. Tuvo un papel habitual en "Urgencias", y una actuación memorable en un episodio de "Sexo en Nueva York", como una acompañante profesional a fiestas que se cae desde una ventana, poniendo trágico fin a su melodramática vida.

Johnston debutó en el cine en el cortometraje "The Debt", que obtuvo varios premios en festivales internacionales de cine, incluido el Festival de Cine de Cannes 1993. Sus demás papeles en la gran pantalla incluyen una actuación especial en "Finding Bliss", además de papeles en "Austin Powers 2: La Espía que me Achuchó", "Austin Powers en Miembro de Oro", "Los Picapiedra en Viva Rock Vegas", "De Vuelta al Insti", y, muy recientemente, "Music & Lyrics" junto a Hugh Grant y Drew Barrymore.

Johnston es miembro desde hace mucho de la Atlantic Theater Company, con la que protagonizó recientemente la obra de Lucy Thurber "Scarcity". También da clases de interpretación en la escuela que dicha compañía mantiene en la Universidad de Nueva York, y que fue fundada por el dramaturgo David Mamet y el actor William H. Macy. El currículo teatral de Johnston comprende, entre otra obras, "Love Song" representada en el West End de Londres; "Baltimore Waltz", "Mucho Ruido y Pocas Nueces", "Noche de Reyes", "Aunt Dan and Lemon", "The Women", "The Skin of Our Teeth", "Baby Anger", y la producción del Lincoln Center de "The Lights", por la que fue nombrada candidata al Premio Drama Desk®. Recientemente, Johnston intervino en la obra del Festival de Williamstown "The Understudy", original de Theresa Rebeck, dirigida por Scott Elis e interpretada también por Bradley Cooper y Reg Rogers.