Con una filmografía impresionante y cada vez más extensa, Mark Ruffalo es uno de los actores más solicitados de Hollywood. Después de aparecer en cuatro películas en 2004, Ruffalo tiene otras tres más películas que se estrenarán en breve y tres en varias etapas de producción.

Más recientemente,Ruffalo dio la réplica a Reese Witherspoon en la romántica Ojala fuera cierto. En esta película dirigida por Mark Waters, Ruffalo interpreta a un viudo que se enamora del espíritu de la mujer que había sido la propietaria del piso en el que él vive. Anteriormente, se le vio en Collateral, con Tom Cruise y Jaime Foxx. En Collateral, Ruffalo interpreta a un oficial de la policía de Los Ángeles que persigue al asesino a sueldo interpretado por Tom Cruise. También ha actuado en We Don't Live Here Anymore de Warner Independents Pictures. La película fue muy bien recibida en el Festival de Sundance de 2004. Ruffalo la protagonizó junto con Naomi Watts, Peter Krause y Laura Dern y también fue el productor ejecutivo de este drama que investiga las consecuencias de las infidelidades sufridas por dos matrimonios.

En 2006 se le verá en All the King's Men con Sean Penn, Kate Winslet y Jude Law.

Actualmente, Ruffalo está participando en la producción de Zodiac de Phoenix Pictures dando la réplica a Jake Gyllenhaal y Robert Downey Jr. Basada en una historia real, la película narra la historia de los hombres que lograron capturar al asesino en serie conocido como Zodiac que aterrorizó a la población de San Francisco durante 25 años. Ruffalo interpreta el papel del inspector de homicidios a cargo del caso. Phoenix Pictures ha anunciando recientemente que han adquirido los derechos de The Brass Wall para poder lucir el talento de Ruffalo. Interpretará a un policía clandestino que se infiltra en la familia mafiosa Lucchesi en Nueva York para resolver el caso del asesinato de un bombero del ayuntamiento. Ruffalo acaba de terminar de participar en la película Margaret con Anna Paquin y Matt Damon, y dirigida por Kenneth Lonergan.

Ruffalo se ganó el reconocimiento de la crítica en 2000 por su papel en Puedes contar conmigo, con Laura Linney y Matthew Broderick y dirigida por Kenneth Lonergan. Ganó el galardón al Mejor Actor por su interpretación en el Festival de Cine de Montreal de 2000 y el premio Nueva Generación de la Asociación de los Críticos de Los Ángeles. La película, producida por Martin Scorsese, recibió el aplauso de la crítica a nivel nacional siendo especialmente bien recibida en el Festival de Cine de Sundance, donde ganó dos de los premios más importantes del festival: el premio Gran Jurado por mejor película dramática y el premio Waldo Salt para Guionistas.

En los dos años siguientes, Ruffalo consiguió papeles en las películas de acción The Last Castle, con Robert Redford y James Gandolfini, y Windtalkers, con Nicolas Cage y Christian Slater. También protagonizó la primera película de Nylon Films, XX/XY, escrita y dirigida por Austin Chick.

En 2003, Ruffalo dio la réplica a Meg Ryan In The Cut de Jane Campion. Aquel mismo año, apareció en la película independiente Mi vida sin mí, escrita y dirigida por Isabel Coixet y protagonizada por Sarah Polley y Scott Speedman. En 2004, se vio a Ruffalo en la comedia romántica 13 Going on 30, que protagonizó junto con Jennifer Garner. En marzo de 2004, actuó en Eternal Sunshine of the Spotless Mind, escrita por Charlie Kaufman, dando la replíca a Jim Carrey, Kirsten Dunst, Kate Winslet, Elijah Wood yTom Wilkinson.

Otros largometrajes incluyen Committed, coprotagonizada por Heather Graham, con unos pases especiales en el Festival de Cine de Sundance de 2000; Cabalga con el diablo, dirigida por Ang Lee (La tormenta de hielo) con Tobey Maguire y Skeet Ulrich; 54 con Mike Meyers; Safe Men con Sam Rockwell y Steve Zahn; The Last Big Thing, dirigida por Dan Zukovic; A Fish in the Bathtub de Joan Micklin Silver con Jerry Stiller; y Life/Drawing de Dan Bootzin.

Ruffalo inició su carrera como actor en el teatro, donde llamó la atención cuando protagonizó la producción Off-Broadway, This is Our Youth, escrita y dirigida por Kenneth Lonergan, que le valió el premio Lucille Award al Mejor Actor. Ruffalo ha ganado numerosos premios por otras interpretaciones incluyendo un premio Dramalogue y el Theater World Award. En 2000, Ruffalo actuó en la produccion Off-Broadway The Moment When, una obra escrita por el ganador del Pulitzer Prize y Tony Award, James Lapine. Ruffalo formó parte del importante reparto coral en el que también participaron Illeana Douglas, Kieran Culkin y Arija Bareikis.

Se formó profesionalmente con Joanne Linville en la distinguida Stella Adler Conservatory. Ruffalo hizo su debut en el teatro con la obra Avenue A en The Cast Theater. Ruffalo siguió colaborando con The Cast Theater, actuando en varias obras premiadas de Justin Tanner, incluidas Still Life With Vacuum Salesman y Tent Show.

Ruffalo también es escritor, director y productor y fue el coguionista del guión de la película independiente, The Destiny of Marty Fine que fue primera finalista en el Festival de Cine de Slamdance en Park City, Utah. Asimismo, ha dirigido numerosas obras de teatro y obras de un solo acto. En 2000, dirigió la obra original de Timothy McNeil, Margaret en el Hudson Backstage Theatre en Los Angeles.

Sus créditos en la televisión incluyen The Beat, de la UPN, una serie dramática creada por el ganador del Oscar Barry Levinson y On the Second Day of Christmas del ganador del Emmy, Tom Fontana, así como Houdini: Believe de la TNT.

Ruffalo reside en Los Ángeles.