Michael Shannon creció en Lexington, Kentucky, y comenzó su carrera como actor profesional en Chicago. Su primer papel fue en la obra Winterset en el Illinois Theatre Center. Durante los años siguientes, continuó trabajando en el teatro con compañías como Steppenwolf, The Next Lab y A Red Orchid Theatre. Posteriormente, se instaló en Londres durante un año, y actuó en producciones en el West End londinense como Woyzeck, Killer Joe y Bug.

Mientras estaba en Chicago, Shannon estuvo también muy activo frente a las cámaras de cine y televisión, sobre todo en la película de William Friedkin BUG y en la de Oliver Stone WORLD TRADE CENTER. CANGURO JACK (2.003) fue la tercera producción de Jerry Bruckheimer en la que apareció Shannon. También apareció en DOS POLICÍAS REBELDES II (2.003), dirigida por Michael Bay y protagonizada por Will Smith y Martin Lawrence, y en GRAND THEFT PARSONS (2.003) con Johnny Knoxville y Christina Applegate.

Últimamente ha aparecido en SHOTGUN STORIES, en la película de Sydney Lumet ANTES QUE EL DIABLO SEPA QUE HAS MUERTO JUNTO A Philip Seymour Hoffman, Albert Finney y Ethan Hawke, en LUCKY YOU de Curtis Hanson, y en la controvertida pelícualde Oliver Stone W. Sus películas inminentes incluyen THE MISSING PERSON de Noah Buschel, y THE GREATEST con Susan Sarandon y Pierce Brosnan. Finalmente, Michael trabajará con Werner Herzog en el remake de THE BAD LIEUTENANT antes de reunirse con el director neoyorquino de Bug para la producción en Nueva York de Lady.

Sus muchos otros títulos de crédito incluyen EL LEÑADOR, PEARL HARBOUR, VANILLA SKY, 8 MILLAS, CECIL B. DEMENTE, TIGERLAND Y CHICAGO CAB, adaptación de la obra de teatro Hellcab.