Al comienzo de la historia, un hombre amnésico (Matt Damon) es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. No lleva nada consigo, sólo las balas que tiene clavadas en la espalda y un número de cuenta de un banco suizo que lleva adherido a la cadera. Carece de identidad y de pasado, pero posee una serie de talentos extraordinarios en artes linguísticas, marciales y de auto-defensa que sugieren una profesión de alto riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso.

En una caja de seguridad de Zurich encuentra una colección de pasaportes, una suma considerable de dinero, un arma automática... un nombre, Jason Bourne, y una dirección en París. Todo esto no significa nada para él pero Bourne se da cuenta muy pronto de que aunque él no conozca a nadie, hay gente que sí parece reconocerle y que no le desean nada bueno... Bourne conoce a una vagabunda alemana que atraviesa una mala racha llamada Marie Kreutz (Franka Potente) y le hace una oferta desesperada: diez mil dólares por llevarle a París. Con reservas, Marie coge el dinero y emprende un viaje con ese hombre que cambiará su vida para siempre.

La pista sobre el pasado de Bourne les conduce de Europa al cuartel general de la CIA en Langley, Virginia. Allí descubren la existencia de Treadstone, una controvertida operación clandestina. Mientras Bourne y Marie tratan de permanecer escondidos en Francia, los poderosos responsables de Treadstone harán todo lo posible por encontrar a Bourne y "neutralizarle" cuanto antes.