Un fantasma en la batalla está inspirada en la mayor operación encubierta contra ETA, que supuso un antes y un después en la lucha antiterrorista en España. Cimentada en el contexto histórico, político y social de los años 90 y los 2000, la película cuenta la historia de Amaia (Susana Abaitua), una joven guardia civil que permanece más de una década trabajando como agente encubierta dentro de la banda terrorista, con el objetivo de localizar los zulos que tenían escondidos en el sur de Francia.