El 1998, cuando al juez chileno Juan Guzmán se le asignaron los primeros casos criminales contra el ex dictador Augusto Pinochet, colegas y familiares de las víctimas no esperaban mucho. Guzmán, políticamente conservador, había celebrado el golpe de estado de Pinochet que acabó en 1973 con el presidente Salvador Allende y provocó la muerte y “desaparición” de miles de personas.

El Juez y el General relata la historia de esta investigación desde la primera querella que Eduardo Contreras, abogado de los familiares de las víctimas, presentó contra Pinochet en enero de 1998, hasta su arresto domiciliario ordenado por Juan Guzmán en diciembre de 2004 y los procesos judiciales abiertos contra el ex dictador y diversos oficiales de su gobierno en los años posteriores.

A lo largo de este camino, se analizan algunos hechos determinantes en el curso de la historia chilena como nunca antes se había hecho: los tres casos en los que el juez Guzmán basó su acusación - el caso Caravana de la Muerte, la operación Colombo y la operación Cóndor - la implicación de la CIA en la creación de la policía secreta chilena (la DINA) o el papel clave de la Vicaría de la Solidaridad recogiendo los testigos de las víctimas desde los años 70, son algunos ejemplos.

Pero más allá del relato minucioso de la investigación, el documental es el retrato de un doble proceso de descubrimiento: el de un pasado histórico silenciado durante muchos años, y la revelación personal de un juez que a medida que la investigación avanza se ve obligado a enfrentarse a su ideología política y a adquirir consciencia de su propio papel en la perpetración de un horror denunciado desde hacía mucho tiempo por las víctimas y sus familiares.

La película sigue al juez Guzmán en un viaje por todo el país visitando los sitios donde las víctimas fueron torturadas, disparadas y enterradas; reconstruyendo los crímenes cometidos al lado de las familias de los asesinados, desenterrando con sus propias manos restos humanos escondidos en antiguas minas o en el fondo del mar y presenciando análisis forenses que contradicen los documentos oficiales.

Los directores, Patricio Lanfranco y Elizabeth Farnsworth, entrevistan a los familiares de las víctimas, a sus abogados, a periodistas chilenos detenidos durante la dictadura e incluso a uno de los torturadores de la DINA. Todo ello combinado con imágenes de archivo que ilustran la historia de los últimos 40 años del país latinoamericano, desde el golpe a Allende en 1973 hasta la victoria de Michelle Bachelet en las elecciones de 2006.

El Juez y el General capta el momento histórico en el que la justicia chilena decide quitarse la venda de los ojos y constituye un testigo único e íntimo de las atrocidades cometidas en uno de los episodios más dramáticos del siglo XX.