Han pasado dos años desde la devastadora batalla de GODZILLA MINUS ONE. Japón ha conseguido recuperarse y volver a la normalidad, pero el regreso de Godzilla desata una nueva amenaza.

Noda (Hidetaka Yoshioka) lanza una inquietante advertencia: «No conseguimos destruir a Godzilla por completo». Shikishima (Ryunosuke Kamiki) y su equipo vuelven a enfrentarse al monstruo, esta vez junto al biólogo Murakami (Min Tanaka) y la meteoróloga Aoyama (Masami Nagasawa).

Masami Nagasawa se incorpora al reparto como Makoto Aoyama, una brillante meteoróloga de la Agencia Meteorológica que pone su talento al servicio de la Oficina de Respuesta ante Grandes Desastres.