Se dice que en el Año de la Luna, que sucede cada 7 años, las personas más sensibles sufren fuertes depresiones. Si el Año de la Luna resulta ser a la vez un año con trece lunas nuevas, aquéllas pueden sufrir grandes catástrofes personales.

Un año con trece lunas narra la tragedia de Elvira, un transexual (anteriormente llamado Erwin, casado y con hijos), transformado en mujer por amor a un hombre. Cuando su amante le rechaza, Elvira/Edwin comienza un peregrinaje por su pasado, intentando acercarse a las personas que están a su alrededor y buscando una razón para seguir viviendo.

Afectado por el reciente suicido de su amante Armin Meier, Fassbinder aborda casi todas la tareas técnicas posibles en esta película, que será recordada como una de sus obras más intimistas y personales.