Mirai cuenta la historia de Kun, un niño mimado y consentido de 4 años al que sus padres dejan de prestar atención cuando nace su hermana Mirai. Kun empieza a sufrir situaciones en casa que nunca había vivido, pero entonces, la versión adolescente de su hermana viaja en el tiempo desde el futuro para vivir junto a Kun una aventura extraordinaria más allá de lo imaginable.