Jay Hernandez comenzó su carrera en Hollywood junto a Kirsten Dunst en el año 2001 con el filme Amor loco, amor prohibido (Crazy/Beautiful). Desde entonces, Hernandez ha trabajado en varias películas, incluyendo el éxito de Disney El novato (The Rookie), junto a Dennis Quaid; Torque rodando al límite (Torque) de Joseph Kahn, con Ice Cube; Brigada 49 (Ladder 49), con Joaquin Phoenix y John Travolta; y Friday Night Lights, con Billy Bob Thornton. Recientemente ha sido visto en el proyecto sobre el 9/11 de Oliver Stone para la gran pantalla, World Trade Center, y el falso documental independiente con Eva Mendes Live!

Hernandez nació y se crió en Montebello, California, con sus dos hermanos mayores y una hermana menor. A diferencia de la mayoría de sus contemporáneos, no creció con el sueño de ser actor y mudarse a Hollywood. Aunque suene a cliché cuando tenía 18 años, Hernandez fue descubierto en un ascensor por un cazador de talentos. En poco tiempo, su carrera floreció exponencialmente, desde que hace sólo siete años hiciera su primera aparición como actor en el programa de televisión de los sábados por la mañana Hang Time, donde comenzó su carrera junto con Anthony Anderson (Hustle & Flow). Hernandez es reconocido como uno de los pocos hombres latinos protagonistas de la industria del entretenimiento y ha tenido el honor de trabajar con algunos de los guionistas, directores, productores y actores más solicitados de su tiempo.

Hernandez protagonizó el thriller psicológico Hostel, del guionista/director Eli Roth y con Quentin Tarantino como productor ejecutivo. El filme proyectado en el Festival de Toronto de 2005 cosechó muy buenas críticas y abrió en primera posición en la taquilla en su estreno comercial. Tiene un cameo corto en la secuela, Hostel 2.

El actor también dejó su marca en la aclamada, aunque de corta vida, serie de televisión de ABC de J.J. Abrams, Six Degrees.

Hernandez actualmente reside en Los Ángeles.