Jesse Eisenberg ha protagonizado recientemente la película independiente The education of Charlie Banks que supuso el debut en la dirección de Fred Durst y que está coprotagonizada por Jason Ritter, Chris Marquette y Eva Amurri. La película se presentó en el Festival de Cine de Tribeca. Jesse se hizo conocido por su personaje en la película de Samuel Goldwyn Films The squid and the whal, que protagonizó junto a Laura Linney y Jeff Daniels. Esta película ganó el premio Independent Spirit al mejor reparto coral y Jesse fue nominado al Independent Spirit al mejor actor secundario además de ser nominado para el premio BFCA al mejor actor revelación. Entre sus otros trabajos destacamos Rodger Rodger, junto a Isabella Rossellini, Campbell Scott, Elizabeth Berkley y Jennifer Beals.