Un piloto de helicóptero reclutado para una operación militar de alto secreto se ve embarcado en una clase de misión que jamás podría haber imaginado en Código Fuente, un inteligente 'thriller' de acción vertiginosa que pone en entredicho todo lo que creemos saber sobre el tiempo y el espacio. Llena de sorprendentes giros y apasionante suspense, Código Fuente está dirigida por Duncan Jones (Moon).

El capitán Colter Stevens (Jake Gyllenhaal) despierta en un tren de cercanías a toda velocidad sin la más mínima idea de cómo ha llegado allí. Sentado frente a él se halla Christina (Michelle Monaghan), una mujer a la que no conoce, aunque ella cree claramente conocerlo. Tras refugiarse en los aseos, se sorprende al ver en el espejo el reflejo de otro hombre, además de tarjetas de identificación en su cartera que pertenecen a un profesor de escuela llamado Sean Fentress. De pronto, una gran explosión hace pedazos el tren.

Casi al instante, Colter se ve transportado a una unidad de aislamiento de alta tecnología, donde una mujer con uniforme militar llamada Goodwin (Vera Farmiga) exige que le rinda cuentas sobre todo lo que ha visto. Colter se encontraba en una misión de máxima prioridad para identificar a un terrorista que había destruido pocas horas antes un tren y que tiene previsto matar a miles de personas con una explosión mucho más potente en pleno centro de Chicago. Un programa de alto secreto, de nombre clave 'Código Fuente', permite a Colter existir brevemente como Sean en la realidad paralela en la que el tren de cercanías está a punto de estallar.

Cada vez que regresa al tren, Colter dispone únicamente de ocho minutos para descubrir la identidad del terrorista. Va reuniendo poco a poco nuevas pistas, pero no acierta a dar con su presa. Cuanto más datos descubre, más se convence de que puede evitar que se llegue a producir la mortal explosión... a menos que se le agote antes el tiempo.