X-Files: Creer es la clave se centra en la relación entre Fox Mulder (Duchovny) y Dana Scully (Anderson); tan problemática como siempre, se producen giros inesperados. Mulder continúa su inexorable búsqueda de la verdad, y Scully, la apasionada y muy inteligente doctora, permanece inexplicablemente ligada a la labor investigadora de Mulder.