El vocalista Brandon Boyd y el batería José Pasillas fueron compañeros de colegio. En 1990 José conoció al guitarrista Mike Einziger. Años más tarde, en Calabasas High, hicieron amistad con el bajista Alex Katunich, quien fue explusado de una banda de jazz por no saber leer las partituras. El trío decidió juntarse para tocar sólo por diversión. Al comienzo tocaban versiones de Metallica y Megadeth.

Su primera canción propia Love Sick, tenía un sonido semi-Incubus pero con algo de funk y trash. Otras canciones escritas en este tiempo fueron: Purple Kool-Aid, Sylvester Polyester, My Soul (The Underground), y The Milkman Song.

En 1991, la banda comenzó a tocar en fiestas; el grupo no contaba con nombre y debían escoger uno de una vez. Brandon sugirió Spiral Staircase o Chimera, Alex sugirió Chunk-O-Funk. Pero Mike trajo un diccionario, encontró la palabra Incubus, y leyó la definición. A los demás les agradó y les pareció cool pues tenía una connotación sexual.

Durante los siguientes años, el grupo siguió componiendo canciones y no desaprovechaba ninguna oportunidad para tocar. Se presentaban en fiestas y clubes.

Mientras Brandon y José asistían al Moorpark Community College, Mike decidió probar suerte en la banda de una artista desconocida en ese entonces, Alanis Morissette. Esta pequeña separación les fue bien, pues la banda regresó con fuerza para continuar con sus presentaciones. Después, lanzaron su primer demo llamado Closet Cultivation.

Incubus había estado grabando sus demos usando una máquina casera, hasta que Mark Shoffner, un manager, les ofreció un estudio para grabar sus canciones , sin ningún contrato de por medio. El 7 de enero de 1995, la banda lanzó Incubus. Unos diez meses más tarde, luego de grabar con Jim Wirt en Santa Mónica, California, Incubus lanzó su primera producción bajo el sello independiente Stopuglynailfungus Music on Chillum. El lanzamiento fue el 1 de noviembre de 1995 y se llamó Fungus Amongus.

Dos años más tarde firmarían con el sello Immortal para editar un Ep de seis canciones que recopilaba los temas que editaban en sus maquetas. Este álbum se editaría en 1997 bajo el título Enjoy Incubus.

El Ep llegaría a manos de Korn, que según lo escucharon decidieron que sería su próxima banda de telón y es asi como se embarcan para el tour europeo de Korn.

El primer disco para una multinacional sería S.C.I.E.N.C.E., que se editaría a finales de 1997. La gira del disco duró dos años y gracias a ella tocan junto a Sugar Ray, Limp Bizkit, Ozzy Osbourne, Black Sabbath, Korn... El disco alcanza 200 mil copias.

Tras la gira vuelven a casa y se ponen a escribir canciones para su siguiente disco durante ocho semanas. Make yourself se grabó durante nueve semanas en 1999. Se edita en 2000 y les lleva de gira con Primus. Con este disco Incubus deja claro con son una banda de hard rock que no siente la necesidad de ser la más dura, ni la que crea los riffs más poderosos ni las canciones que provocan los gritos más histéricos de los fans, sino la que mejor calidad tiene.

El disco vende un millón de copias por lo que se enbarcan en su siguiente trabajo discográfico, que se editaría en 2001. Brandon Boyd y los suyos regresan con más madurez, aunque las influencias de Faith No More y Red Hot Chili Peppers siguen presentes. Morning View es un disco intimista.

En 2004 aparece A Crow Left Of The Murder con Megalomaniac como single adelanto.